Il gioco sfrutta un nuovo motore grafico, migliorato rispetto a Wing Commander II: Vengeance of the Kilrathi, capace per la prima volta di renderizzare le astronavi completamente in 3D, mentre nei capitoli precedenti si utilizzavano degli "sprites". Lo stesso motore fu poi utilizzato per Wing Commander III.
Armada supporta diverse modalità di gioco, single player o multiplayer. Si può decidere di giocare da soli, seguendo la campagna di guerra tra Umani e Kilrathi, oppure sfidare un altro giocatore connesso in rete (o anche via modem, o in modalità split screen su di un solo PC). E' prevista anche una modalità co-op, con due giocatori che sfidano il computer.
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